爲瞭使淨化實驗室室内保持所需要的溫度、濕度、風速、壓力和潔淨度等參數，常用的方法是向室内不斷送入一定量經過處理的空氣，以消除潔淨室内外各種熱濕幹擾及塵埃污染。爲獲得送入潔淨室具有一定狀态的空氣，就需要一整套設備對空氣進行處理，並不斷送入室内，又不斷從室内排出一部分來，這一整套設備就構成瞭潔淨空調系統。
空調系統應能夠對潔淨實驗室的淨化等級參數進行綜合控制
潔淨空調系統分爲集中式與分散式，集中式潔淨空調系統又稱中央空調，所有空氣處理設備(風機、粗、中、高效過濾器、加熱器、冷卻器、加濕器、除濕器和制冷機組等)都集中在空調機房内，通過輸送管道将精密控制處理後的空氣分配給空氣末端裝置，送到淨化實驗室裏，以不同換氣次數和氣流形式來實現潔淨實驗室不同的潔淨級别。
這種空調系統熱源和冷源集中，對空氣的基本參數的調整易於實現，它處理空氣量大，也便於淨化參數控制，運行可靠，是目前大型集群式淨化實驗室的方式。
分散式潔淨室空調系統大多局限於局部實驗室需要淨化處理的情況，把單獨的空調處理系統安置在淨化實驗室或淨化實驗室的不同區域，在出風口通過各類過濾器和淨化裝置如風機過濾單元(FFU)對空氣進行淨化處理，每一個末端處理系統可以單獨對空氣參數進行調節，也可以實現對不同淨化實驗室淨化等級的控制。
空調通風系統必須使潔淨實驗室維持一定正壓或負壓
潔淨實驗室中，機械儀器設備潔淨室和一般生物潔淨室都是採用正壓維持,但對於使用有毒、有害氣體或使用易燃易爆溶劑以及其他有特殊要求的潔淨實驗室則採用負壓控制。
潔淨實驗室維持一定的正壓是保證潔淨室不受或少受污染、是維持設計潔淨度等級不可少地條件之一。即便是負壓潔淨室，它也必須有不低於它潔淨度級别地相鄰房間或套間維持一定的正壓，負壓潔淨室的潔淨度才能得以維持。
潔淨室正壓值是指門窗全部關閉狀态下，室内靜壓大於室外靜壓的數值。它是通過淨化系統送風量大於回風量和排風量的方法來達到。不同等級的潔淨實驗室以及實驗室内潔淨區與非潔淨區之間的靜壓差，應不小於5Pa，潔淨區與室外的靜壓差，應不小於10Pa.。
此外，潔淨實驗室對於風量，風速等各項指标的技術要求也都非常嚴格，因此，空調系統必須能夠滿足對其參數進行精確的控制。
空調系統低噪聲低能耗指标是提高淨化實驗室質量的重要因素
淨化實驗室内的噪聲不僅會使實驗人員産生煩惱效應和困倦現象，還會對語言通訊、精密儀器和設備造成幹擾，影響工作效率和實驗進展。
潔淨實驗室的靜态噪聲來源有很多，但主要的來源還是空調通風系統和局部淨化設備運行噪聲。靜态噪聲的大小與潔淨室氣流流型、換氣次數等因素有關，但關鍵在於淨化空調系統的合理布置及合理的降噪措施。
因此低噪聲是淨化實驗室對空調通風系統的必然要求
多年以來，潔淨空調通風系統的高能耗是潔淨實驗室發展的瓶頸，資料顯示，潔淨實驗室的能耗是一般寫字樓的10倍到30倍，其能耗主要體現在空氣的處理和輸送上，在強調可持續發展的總體思路下，必須採取現實有效的節能降耗措施，逐步淘汰高能耗的落後産品，大力發展和應用體現時代科技水平的新型節能系統。
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